اجرای قصاص نفس با درخواست اولیای دم و پس از طی مراحل استیذان و اذن مقام رهبری یا نماینده او صورت می‌پذیرد.

پیش از اجرای حکم، پزشک قانونی یا پزشک معتمد در حضور قاضی اجرای احکام کیفری محکوم را معاینه و در خصوص فقد مانع برای اجرای حکم اعلام نظر می‌کند.

در صورتی که از نظر وضعیت جسمی مانعی برای اجرای حکم نباشد، قاضی اجرای احکام کیفری به محکوم اطلاع می‌دهد تا ‌چنان­چه تقاضای ملاقات با افرادی را دارد اعلام کند. در صورت تقاضای ملاقات، افراد مورد نظر محکوم به تشخیص قاضی اجرای احکام کیفری و در صورتی که قبول تقاضا موجب تاخیر اجرای حکم نشود، به زندان دعوت می‌شوند و رئیس زندان یا معاون وی موجبات ملاقات محکوم با آنان را وفق دستور قاضی اجرای احکام کیفری فراهم می‌‌آورد. در صورت ضرورت از مترجم استفاده می‌شود.

ساعاتی پیش از اجرای مجازات سالب حیات و ترجیحاً شب پیش از اجرای حکم، در صورت رضایت محکوم مراسم مذهبی توسط فرد بصیر و آگاه به مسائل مذهبی و در غیاب ایشان توسط قاضی اجرای احکام کیفری اجرا می‌شود و به محکوم تفهیم می‌گردد که چنان­چه اظهاراتی مانند توبه یا وصیت دارد، اعلام نماید.

تبصره ۱ـ وصیت‌نامه محکوم پس از ملاحظه قاضی اجرای احکام کیفری و اعلام بلامانع بودن تسلیم آن به ورثه، اخذ و ضمیمه پرونده می‌شود و پس از اجرای حکم، در قبال ارائه رسید به احد از وراث تسلیم یا به مقصد تعیین شده توسط محکوم ارسال و تصویر آن در پرونده حفظ می‌گردد.

تبصره ۲ـ در مورد محکوم غیر مسلمان، آداب دینی و مذهبی مطابق مقررات دین و مذهب وی و توسط رهبر دینی مربوط یا نماینده وی به عمل می آید. عدم حضور رهبر دینی یا نماینده وی مانع اجرای حکم نمی باشد.

نظارت بر صحت اجرای حکم و رعایت تشریفات لازم و جلوگیری از تاخیر یا تعطیل آن بر عهده قاضی اجرای احکام کیفری است. پس از رعایت تشریفات و شرایط مذکور، محکوم با تنظیم صورت مجلس تحت‌الحفظ به محل اجرای حکم انتقال می‌یابد و پس از قرائت مفاد حکم توسط منشی دادگاه، به دستور قاضی اجرای احکام کیفری و با رعایت شرایط مذکور در مواد بعدی، حکم طبق مفاد مندرج در آن به اجرا در می‌آید.

در صورت تقاضای خوردنی یا آشامیدنی از سوی محکوم، جز در مواردی که تقاضای وی به تشخیص پزشکی قانونی به مصلحت نبوده یا به تشخیص قاضی اجرای احکام کیفری برای تاخیر اجرای حکم باشد، ماموران انتظامی مکلف به تهیه آن می باشند.

در مواردی که محل اجرای حکم در خارج از محیط زندان است، مجازات سالب حیات با تنظیم صورت‌مجلس و امضای آن توسط قاضی اجرای احکام کیفری، رئیس زندان یا معاون او، پزشک حاضر در محل، منشی دادگاه و فرمانده نیروی انتظامی محل یا معاون او اجرا می‌شود. رئیس زندان یا معاون او با ملاحظه اوراق هویتی یا دیگر مدارک متقن، هویت زندانی را از حیث تطبیق مشخصات با آن چه در حکم دادگاه آمده است، بررسی و تایید نموده و ذیل آن را امضاء می‌کند.

مجازات‌های اعدام و قصاص نفس به صورت حلق ­آویز و از طریق طناب دار و یا به شیوه دیگری که کمترین آزار را برای محکوم داشته باشد، اجرا می‌شود.

زمان اجرای مجازات سالب حیات حین طلوع آفتاب است؛ مگر آن‌که دادگاه زمان دیگری را تعیین کرده باشد.

مامور اجرای حکم مکلف است پیش از اجرای حکم، آلات و ادوات اجرا را بررسی نماید و از استحکام و آماده بودن آن برای اجرای حکم اطمینان حاصل کند. استفاده از وسیله‌ای غیر از آن‌چه اجرای حکم اقتضاء دارد و به گونه‌ای که موجب شکنجه،‌ تعذیب و یا مثله شدن محکوم گردد ممنوع است. هم­چنین عملیات اجرایی باید توسط افراد آموزش‌دیده در کمال آرامش و بدون اعمال خشونت انجام شود.

قاضی اجرای احکام کیفری حداقل چهل و هشت ساعت پیش از اجرای مجازات سالب حیات، مراتب را به مقامات و اشخاص زیر اطلاع داده تا جهت انجام وظیفه محوله در محل اجرای حکم حاضر شوند:

الف ـ قاضی صادرکننده حکم بدوی در صورتی که حضور وی به موجب قانون لازم باشد؛

ب ـ رئیس زندان یا معاون وی برای تهیه مقدمات اجرای حکم و حفظ نظم محل اجرا؛

پ ـ فرمانده انتظامی محل یا معاون وی به منظور حفظ نظم محل اجرا و همکاری با مقامات زندان برای تهیه مقدمات اجرا و اجرای مجازات؛

ت ـ پزشک قانونی و در صورت نبود وی، پزشک معتمد برای معاینه محکوم و اعلام نظر راجع به وضعیت جسمانی وی پیش از اجرا و معاینه جسد پس از اجرای حکم؛

ث ـ فرد بصیر و آگاه به مسائل مذهبی برای انجام تشریفات دینی و مذهبی و چنان­چه دین محکوم از ادیان رسمی شناخته شده در قانون اساسی باشد، نماینده رهبر دینی مربوط؛

ج ـ منشی دادگاه برای قرائت حکم؛

چ ـ اولیای دم مقتول یا وکیل یا نماینده آن‌ها در اجرای قصاص نفس؛

ح ـ وکیل محکوم؛

خ ـ شهود در صورتی که حضور آنان به موجب قانون لازم باشد.

تبصره ۱ـ عدم حضور افراد موضوع بندهای «ث» و «ح» مانع اجرای حکم نمی‌باشد.

تبصره ۲ـ حضور افراد کمتر از هجده سال تمام شمسی در محل اجرای حکم جز به تشخیص قاضی اجرای احکام کیفری ممنوع است.

قاضی اجرای احکام کیفری پس از اجرای حکم سالب حیات، مراتب را صورت مجلس کرده و به امضای رئیس زندان یا معاون وی، پزشک قانونی یا پزشک معتمد، اولیای دم یا وکیل یا نماینده آنان (در صورت حضور) و فرمانده انتظامی محل یا معاون وی می‌رساند.

به تشخیص قاضی اجرای احکام کیفری و توسط مقامات زندان یا ماموران انتظامی، فیلم یا تصاویر مراسم اجرای مجازات سالب حیات تهیه و در پرونده محکوم ثبت و نگهداری می‌شود.

انتشار مراتب اجرای حکم مشتمل بر مشخصات محکوم، نوع جرم و خلاصه حکم، در صورتی ممکن است که انتشار مفاد حکم به موجب قانون مجاز باشد. در غیر احکام موضوع ماده (۳۶) قانون مجازات اسلامی، انتشار مفاد حکم سالب حیات و مراتب اجرای آن به تشخیص دادستان و بدون ذکر مشخصات محکوم بلامانع است.

چنان­چه محکوم داوطلب اهدای عضو پیش یا پس از اجرای مجازات اعدام باشد و مانع پزشکی برای اهدای عضو موجود نباشد، قاضی اجرای احکام کیفری طبق دستورالعملی اقدام می‌نماید که ظرف سه ماه از تاریخ تصویب این آیین‌نامه توسط معاونت حقوقی قوه قضاییه با همکاری وزارت دادگستری و سازمان پزشکی قانونی کشور تهیه شده و به تصویب رئیس قوه قضاییه می‌رسد.

چنان­چه پس از اجرای حکم اعدام یا قصاص نفس، مرگ قطعی محکوم به تایید پزشک حاضر در محل نرسد یا حیات وی احراز شود، اجرای حکم تا سلب کامل حیات ادامه می‌یابد. در صورتی‌که مرگ محکوم به تایید پزشک حاضر برسد و سپس حیات وی احراز گردد، حکم اعدام اجرا می‌شود و در قصاص نفس با درخواست اولیای دم، محکوم مجدد قصاص می‌شود. در فرض اخیر چنان­چه ولی دم قاتل را به گونه‌ای که جایز نیست قصاص کرده باشد و نحوه قصاص منتهی به آسیب محکوم شده باشد، قاضی مجری حکم مفاد ماده (۴۳۸) قانون مجازات اسلامی در خصوص حق متقابل قاتل بر قصاص عضو یا جرح را به طرفین تفهیم می‌کند. هرگاه ولی ‌دم بر اجرای قصاص اصرار داشته باشد، به شرح ذیل اقدام می‌شود:

الف- اگر محکوم از استیفای حق خود منصرف شود، قصاص نفس مجدداً اجرا می‌شود؛

ب- اگر محکوم متقاضی قصاص عضو یا جرح باشد، قاضی اجرای احکام کیفری پیش از اجرای مجدد قصاص نفس پرونده را برای تعیین تکلیف به مرجع ذی‌صلاح ارسال می‌کند.

پس از اجرای حکم و تایید مرگ قطعی توسط پزشک قانونی یا پزشک معتمد، جسد تحویل پزشکی قانونی می‌شود تا به خانواده یا بستگان متوفی تحویل گردد و در غیر این صورت، طبق مقررات شرعی و قانونی دفن و هزینه‌های مربوطه از بیت‌المال پرداخت می‌شود.