اجرای احکام کیفری برعهده دادستان است و«معاونت اجرای احکام کیفری» تحت ریاست و نظارت وی در مناطقی که رییس قوه قضاییه تشخیص می‌دهد، دادسرا عهده‌‌دار این وظیفه است.

تبصره ۱- معاونت اجرای احکام کیفری، می‌تواند در صورت ضرورت دارای واحد یا واحدهای تخصصی برای اجرای احکام باشد.

تبصره ۲- معاونت اجرای احکام کیفری یا واحدی از آن می‌تواند با تصویب رییس قوه قضاییه در زندان‌‌ها و یا مؤسسات کیفری مستقر شود. شیوه استقرار و اجرای وظایف آنها به موجب آیین‌نامه‌ای است که ظرف شش ماه از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون توسط وزیر دادگستری با همکاری رییس سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور تهیه می‌شود و به تصویب رییس قوه قضاییه می‌رسد.

تبصره ۳- در حوزه قضایی بخش، اجرای احکام کیفری به عهده رییس دادگاه و در غیاب وی با دادرس علی‌البدل است.

معاونت اجرای احکام کیفری به تعداد لازم قاضی اجرای احکام کیفری، مددکار اجتماعی، مأمور اجراء و مأمور مراقبتی در اختیار دارد.

تبصره- قاضی اجرای احکام کیفری باید حداقل سه سال سابقه خدمت قضایی داشته باشد.

قوه قضاییه به‌منظور انجام وظایف مددکاران اجتماعی، تشکیلات مناسبی تحت عنوان «مددکاری اجتماعی» را در حوزه قضایی هر شهرستان ایجاد می‌نماید.

مددکاران اجتماعی از بین فارغ‌التحصیلان رشته‌های مددکاری اجتماعی، علوم تربیتی، روانشناسی، جامعه‌شناسی، جرم‌شناسی وحقوق استخدام می‌شوند.

تبصره- در رشته‌های مذکور، اولویت با فارغ‌التحصیلان رشته مددکاری اجتماعی است.

در هر معاونت اجرای احکام کیفری، واحد سجل کیفری و عفو و بخشودگی برای انجام وظایف زیر تشکیل می‌شود:

الف- ایجاد بانک اطلاعاتی مجرمان خطرناک، متهمان تحت تعقیب و متواری و محکومان فراری

ب- تنظیم برگ سجل کیفری محکومٌ‌علیه در محکومیت‌های مؤثر کیفری با ثبت و درج مشخصات دقیق و اثر انگشت و تصویر وی به صورت الکترونیکی

پ- ثبت و ارسال درخواست عفو محکومٌ‌علیه و نیز پیشنهاد عفو یا تخفیف مجازات محکومان طبق مقررات

تبصره ۱- ترتیب ثبت و تنظیم این مشخصات، امکان دسترسی به این اطلاعات و چگونگی تشکیل و راه‌اندازی شبکه الکترونیکی سجل کیفری با رعایت مقررات راجع به دادرسی الکترونیکی و به موجب آیین‌نامه‌‌ای است که ظرف شش‌ماه از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون توسط وزیر دادگستری با همکاری رییس سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور تهیه می‌شود و به تصویب رییس قوه‌قضاییه می‌رسد.

تبصره ۲- اقدامات موضوع بندهای (الف) و (ب) این ماده با همکاری نیروی انتظامی و نهادهای اطلاعاتی و امنیتی صورت می‌گیرد.

وظایف قاضی اجرای احکام کیفری عبارت است از:

الف- صدور دستور اجرای احکام لازم‌الاجرای کیفری و نظارت بر شیوه اجرای آنها

ب- نظارت بر زندان‏ها در امور راجع به زندانیان

پ- اعلام‏نظر درباره زندانیان واجد شرایط عفو و آزادی مشروط مطابق قوانین و مقررات

ت- اعطای مرخصی به محکومان براساس قوانین و مقررات

ث- اتخاذ تصمیم درباره محکومان سالمند، مبتلایان به بیماری‌های روانی و بیماریهای جسمی صعب‌العلاج و سایر افراد محکوم نیازمند به مراقبت و توجه ویژه، از قبیل صدور اجازه بستری برای آنها در مراکز درمانی بر اساس ضوابط و مقررات

ج- اجرای سایر وظایفی که به موجب قوانین و مقررات برای اجرای مجازات‌ها وضع شده یا بر عهده قاضی اجرای احکام کیفری یا ناظر زندان قرار گرفته است.

آرای کیفری در موارد زیر پس از ابلاغ به موقع اجرا گذاشته می شود:

الف- رای قطعی که دادگاه نخستین صادر می کند.

ب- رایی که در مهلت قانونی نسبت به آن واخواهی یا درخواست تجدیدنظر یا فرجام نشده باشد یا درخواست تجدیدنظر یا فرجام آن رد شده باشد.

پ- رایی که مرجع تجدیدنظر آن را تایید یا پس از نقض رای نخستین صادر کرده باشد.

ت- رایی که به تایید مرجع فرجام رسیده باشد.

هرگاه قاضی اجرای احکام کیفری، رأی صادره را از لحاظ قانونی لازم‌الاجراء نداند، مراتب را با اطلاع دادستان به دادگاه صادرکننده رأی قطعی اعلام و مطابق تصمیم دادگاه اقدام می‌کند.

هرگاه رأی، درخصوص اشخاص متعدد صادر شده باشد و در موعد مقرر بعضی از آنان اعتراض و یا درخواست تجدیدنظر یا فرجام کرده باشند، پس از گذشت مهلت اعتراض و یا تجدیدنظر یا فرجام در مورد بقیه لازم‌الاجراء است.

اعتراض و یا درخواست تجدیدنظر یا فرجام درباره یک قسمت از رأی، مانع از اجرای سایر قسمت‌های لازم الاجرای آن نیست.

عملیات اجرای رأی با دستور قاضی اجرای احکام کیفری شروع می‌شود و به هیچ وجه متوقف نمی‌شود، مگر در مواردی که قانون مقرر نماید.

آراء کیفری به دستور و تحت نظارت قاضی اجرای احکام کیفری اجراء می‌شود و در مواردی که طبق قانون، اجرای رأی باید توسط وزارتخانه ‏ها، مؤسسات و شرکت‌های دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی و سازمانها و نهادهایی که شمول قانون بر آنان مستلزم ذکر یا تصریح نام است به عمل آید، قاضی اجرای احکام کیفری، ضمن صدور دستور اجراء و ارائه تعلیمات لازم، برچگونگی اجراء و اقدامات آنها نظارت دارد.

تمام ضابطان دادگستری، نیروهای انتظامی و نظامی، مقامات و مستخدمان وزارتخانه ‏ها، مؤسسات و شرکت‌های دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی و سازمان‌ها و نهادهایی که شمول قانون بر آنان مستلزم ذکر یا تصریح نام است، در حدود وظایف خود مکلفند دستور قاضی اجرای احکام کیفری را در مقام اجرای رأی که مرتبط با اجرای آن است رعایت کنند. متخلف از مقررات این ماده، علاوه بر تعقیب انتظامی و اداری، به مجازات مقرر قانونی نیز محکوم می‌شود.

رفع ابهام و اجمال از رأی با دادگاه صادرکننده رأی قطعی است، اما رفع اشکالات مربوط به اجرای رأی با رعایت موازین شرعی و قانونی، با قاضی اجرای احکام کیفری است که رأی زیر نظر او اجراء می‌شود.

هرگاه شیوه اجرای رأی در دادنامه تعیین گردد، به همان ترتیب اجراء می‌شود و درصورت عدم تعیین شیوه اجراء، قاضی اجرای احکام کیفری مطابق مقررات قانونی، رأی را اجراء می‌کند.

اجرای علنی مجازات ممنوع است، مگر در موارد الزام قانونی یا در صورتی‌که به لحاظ آثار و تبعات اجتماعی بزه ارتکابی، نحوه ارتکاب جرم و سوابق مرتکب و بیم تجری او یا دیگران، دادگاه خود یا به پیشنهاد دادستان اجرای علنی مجازات را ضروری تشخیص دهد و اجرای علنی مجازات را در رأی تصریح کند.

محکومٌ‌‏علیه برای اجرای رأی احضار می‌شود و در صورت عدم حضور، به کفیل یا وثیقه‌گذار اخطار می‌شود تا محکومٌ‌‏علیه را برای اجرای رأی تسلیم کند. در این صورت، قاضی اجرای احکام کیفری می‌تواند به طور همزمان دستور جلب محکومٌ‌علیه را صادر کند.

تبصره- درصورتی که بیم فرار یا مخفی شدن محکومٌ‌علیه باشد، قاضی اجرای احکام کیفری می‏تواند با ذکر دلیل در پرونده، از ابتداء دستور جلب محکومٌ‌علیه را صادر کند.

اجرای مجازات در موارد زیر به تشخیص و دستور قاضی اجرای احکام به تعویق می‌افتد:

الف- دوران بارداری

ب- پس از زایمان حداکثر تا شش ماه

پ- دوران شیردهی حداکثر تا رسیدن طفل به سن دو سالگی

ت- اجرای مجازات شلاق در ایام حیض یا استحاضه

هرگاه محکومٌ‌علیه به بیماری جسمی یا روانی مبتلا باشد و اجرای مجازات موجب تشدید بیماری و یا تأخیر در بهبودی وی شود، قاضی اجرای احکام کیفری با کسب نظر پزشکی قانونی تا زمان بهبودی، اجرای مجازات را به تعویق می‌اندازد. چنانچه در جرایم تعزیری امیدی به بهبودی بیمار نباشد، قاضی اجرای احکام کیفری، پس از احراز بیماری محکومٌ‌علیه و مانع بودن آن برای اعمال مجازات، با ذکر دلیل، پرونده را برای تبدیل به مجازات مناسب دیگر با در نظر گرفتن نوع بیماری و مجازات به مرجع صادرکننده رأی قطعی ارسال می‌کند.

تبصره- هرگاه حین اجرای مجازات، بیماری حادث شود و تعویق اجرای مجازات فوریت داشته باشد، قاضی اجرای احکام کیفری، ضمن صدور دستور توقف اجرای آن، طبق مقررات این ماده اقدام می‌کند.

هرگاه محکومٌ‌‏علیه در جرایم تعزیری، پس از صدور حکم قطعی، مبتلا به جنون شود، تا زمان افاقه، اجرای حکم به تعویق می‌افتد؛ مگر در مورد مجازات‌های مالی که از اموال محکومٌ‌علیه وصول می‌شود.

تبصره- محکوم به حبس یا کسی که به علت عدم پرداخت جزای نقدی در حبس به سر می‌برد، در صورت جنون تا بهبودی در بیمارستان روانی یا مکان مناسب دیگری نگهداری می‌شود. این ایام جزء مدت محکومیت وی محاسبه می‌شود.

در غیر مجازات حبس، هرگاه رییس قوه قضاییه با عفو یا تخفیف مجازات محکومٌ‌علیه برای پیشنهاد به مقام رهبری موافقت کند و دستور توقف اجرای حکم دهد، اجرای حکم متوقف می‌شود.

در مواردی که مطابق مقررات، اجرای رأی موقوف می‌شود، قاضی اجرای احکام کیفری قرار موقوفی اجراء صادر می‌کند.

موقوف شدن اجرای مجازات در حقوق شاکی یا مدعی ‌خصوصی و اجرای احکام ضبط اشیاء و اموالی که وسیله ارتکاب جرم بوده و یا از ارتکاب جرم تحصیل شده است، تأثیری نخواهد داشت، مگر اینکه علت موقوف شدن اجرای مجازات، نسخ مجازات قانونی باشد.

چنانچه اجرای مجازات مستلزم دسترسی به محکومٌ‌‏علیه به دفعات باشد و محکومٌ‌‏علیه در پرونده فاقد قرار تأمین بوده و یا قرار صادره متناسب نباشد، قاضی اجرای احکام کیفری مطابق مقررات، قرار تأمین متناسب صادر می‌کند.

قاضی اجرای احکام کیفری درباره درخواست محکومٌ‌علیه، کفیل یا وثیقه‌گذار مبنی بر تبدیل قرار تأمین، تغییر کفیل یا وثیقه‌گذار و یا جایگزینی وثیقه، تصمیم می‌گیرد.

هرگاه اقدامات قاضی اجرای احکام کیفری منتهی به دسترسی به محکومٌ‌علیه نشود و بیم فرار وی از کشور باشد، می‌تواند دستور منع خروج او را از کشور صادر و به مراجع قانونی اعلام کند؛ اما به محض حضور یا دستگیری محکومٌ‌علیه نسبت به لغو این دستور اقدام می‌کند.

هرگاه پس از صدور حکم معلوم شود محکومٌ‌علیه دارای محکومیت‌های قطعی دیگری است و اعمال مقررات تعدد، در میزان مجازات قابل اجراء مؤثر است، قاضی اجرای احکام کیفری به شرح زیر اقدام می‌کند:

الف- اگر احکام به‌طور قطعی صادر یا به لحاظ عدم تجدیدنظر خواهی قطعی شده باشند، در صورت تساوی دادگاه‌ها پرونده‌ها را به دادگاه صادرکننده آخرین حکم و در غیر این‌صورت به دادگاه دارای صلاحیت بالاتر ارسال می‌کند، تا پس از نقض تمام احکام، با رعایت مقررات مربوط به تعدد جرم، حکم واحد صادر شود.

ب- اگر حداقل یکی از احکام در دادگاه تجدیدنظر استان صادر شده باشد، پرونده‌ها را به این دادگاه ارسال می‌کند تا پس از نقض تمام احکام با رعایت مقررات مربوط به تعدد جرم، حکم واحد صادر شود. چنانچه احکام از شعب مختلف دادگاه تجدیدنظر استان صادر شده باشد، شعبه صادرکننده آخرین حکم تجدیدنظر خواسته صلاحیت رسیدگی دارد.

پ- در سایر موارد و همچنین در صورتی که حداقل یکی از احکام در دیوان‌عالی کشور مورد تأیید قرار گرفته باشد یا احکام متعدد در حوزه‌های قضایی استان‌های مختلف یا در دادگاه‌های با صلاحیت ذاتی متفاوت صادر شده باشد، پرونده‌ها را به دیوان‌عالی کشور ارسال می‌کند تا پس از نقض احکام، حسب مورد، مطابق بندهای (الف) یا (ب) اقدام شود.

تبصره- در موارد فوق، دادگاه در وقت فوق‌العاده بدون حضور طرفین به موضوع، رسیدگی و بدون ورود در شرایط و ماهیت محکومیت با رعایت مقررات تعدد جرم، حکم واحد صادر می‌کند.

هرگاه هنگام اجرای حکم معلوم شود محکومٌ‌‏علیه محکومیت‌های قطعی دیگری داشته است که در اعمال مقررات تکرار جرم مؤثر است، قاضی اجرای احکام کیفری، پرونده را نزد دادگاه صادر کننده حکم قطعی ارسال می‌کند. در این‌صورت، چنانچه دادگاه، محکومیت‏ های سابق را محرز دانست، مطابق مقررات اقدام می‌نماید.

تبصره- هرگاه حکم در دیوان‌عالی کشور تأیید شده باشد، پرونده به آن مرجع ارسال می‌شود تا چنانچه محکومیت‏ های سابق را محرز دانست، حکم را نقض و پرونده را جهت صدور حکم به دادگاه صادرکننده آن ارسال کند.

شخصی که به موجب حکم قطعی، برائت حاصل کند، می‌تواند حداکثر ظرف شش‌ماه از تاریخ ابلاغ رأی، از دادگاه صادر کننده حکم نخستین درخواست نماید که حکم برائت از محل اعتبارات مربوط به قوه قضاییه در یکی از روزنامه‌های کثیرالانتشار منتشر شود.