در مرکز هر استان، سازمان قضائی استان متشکل از دادسرا و دادگاه‌های نظامی است. در شهرستان ها در صورت نیاز، دادسرای نظامی ناحیه تشکیل می‌شود. حوزه قضائی دادسرای نظامی نواحی به تشخیص رئیس قوه قضائیه تعیین می‌شود.

تبصره ۱- دادستان نظامی استان بر اقدامات قضات دادسرای نظامی ناحیه از حیث وظایفی که برعهده دارند، نظارت دارد و تعلیمات لازم را ارائه می‌نماید.

تبصره ۲- رئیس دادسرای نظامی ناحیه که معاون دادستان نظامی مرکز استان است، علاوه بر نظارت قضائی، بر امور اداری نیز ریاست دارد.

تبصره ۳- حوزه قضائی هر استان به تعداد لازم شعب دادگاه و دادسرا و نیز تشکیلات مورد نیاز از قبیل واحد ابلاغ، اجرای احکام و واحد ارشاد و معاضدت قضائی دارد و در صورت تعدد شعب دادگاه و دادسرا، هر یک دارای دفتر کل نیز می‌باشد.

رئیس سازمان قضائی استان، رئیس شعبه اول دادگاه تجدیدنظر نظامی است و بر کلیه شعب دادگاه و دادسرای نظامی استان نظارت و ریاست اداری دارد. تصدی امور اداری در غیاب رئیس سازمان با معاون وی و در غیاب آنها با دادستان نظامی‌استان است.

در صورت نیاز به تشخیص رئیس قوه قضائیه، یک یا چند شعبه از دادگاه‌های نظامی استان در دادسرای نواحی موضوع ماده (۵۷۸) این قانون مستقر می‌شود.

اختیارات و وظایف رئیس، دادستان و دیگر مقامات قضائی سازمان قضائی استان با رعایت مقررات این بخش، همان اختیارات و وظایفی است که حسب مورد برای رؤسای کل دادگستری ‌ ها، دادستان‌های عمومی و انقلاب و سایر مقامات قضائی دادگستری مقرر شده است.

تبصره- گروه شغلی، حقوق و مزایای قضات شاغل در سازمان قضائی همان است که برای هم تراز آنان در دادگستری پیش‌بینی شده است. ولیکن با توجه به معافیت قضات نظامی از پرداخت مالیات، هم ترازی آنان با محاسبه کسر مالیات می‌باشد.

دادگاه‌های نظامی که به موجب این قانون تشکیل می‌شوند، عبارتند از:

الف- دادگاه نظامی دو‌

ب- دادگاه نظامی یک

پ- دادگاه تجدیدنظر نظامی‌

ت- دادگاه نظامی‌دو زمان جنگ

ث- دادگاه نظامی یک ‌زمان جنگ

ج- دادگاه تجدیدنظر نظامی زمان جنگ

وظایف، اختیارات، صلاحیت و تعداد اعضای دادگاه‌های نظامی دو، نظامی یک و تجدیدنظر نظامی همان است که در مورد دادگاه‌های کیفری دو، کیفری یک و تجدیدنظر استان مقرر شده است مگر مواردی که در این بخش به نحو دیگری درباره آن تعیین تکلیف شود.

دادگاه نظامی یک در مرکز هر استان تشکیل می‌شود.

به جرائم نظامیان زیر در دادگاه و دادسرای نظامی مرکز استان رسیدگی می‌شود:

الف- نظامیان دارای درجه سرهنگی که درمحل سرتیپ دومی و بالاتر شاغل می‌باشند.

ب- نظامیان دارای درجه سرتیپ دومی در صورتی که مشمول مقررات ماده (۳۰۷) قانون آیین‌دادرسی کیفری مصوب ۱۳۹۲/۱۲/۴ نباشند.

با انتخاب رئیس سازمان قضائی استان عضویت مستشاران دادگاه تجدیدنظر نظامی در دادگاه نظامی یک استان بلامانع است.

هر ‌ گاه در محلی دادگاه نظامی دو تشکیل نشده یا بلاتصدی باشد و یا تشکیل شده ولی با تراکم پرونده روبرو باشد، دادگاه نظامی یک حسب ارجاع، به پرونده‌هایی که درصلاحیت دادگاه نظامی دو است نیز رسیدگی می‌نماید. در این‌صورت دادگاه مزبور با تصدی یکی از اعضاء تشکیل می‌شود.

تبصره- هرگاه در استانی دادگاه نظامی یک یا تجدیدنظر نظامی تشکیل نشده یا بلاتصدی باشد یا به جهاتی از قبیل ردّ دادرس، امکان رسیدگی در استان فراهم نبوده و اعزام قاضی مأمور نیز مقدور نباشد، رسیدگی به پرونده‌های مربوط، حسب مورد در نزدیک‌ترین حوزه قضائی به‌عمل می‌آید.

دادگاه نظامی یک، پس از شروع به رسیدگی نمی‌تواند به اعتبار صلاحیت دادگاه نظامی دو، قرار عدم صلاحیت صادر کند و به هرحال باید رأی مقتضی را صادر نماید.

در صورت ضرورت، برای رسیدگی به جرائم ارتکابی نظامیان که در صلاحیت سازمان قضائی است، با تصویب رئیس قوه قضائیه، شعبه یا شعبی از دادسرای نظامی در محل استقرار تیپهای مستقل رزمی و بالاتر و یا رده هم تراز آنها در سایر نیروها برای مدت معین تشکیل می‌شود. تأمین محل مناسب و امکانات مورد نیاز به عهده یگان مربوطه است.

در زمان جنگ دادگاه‌های نظامی زمان جنگ با تصویب رئیس قوه ‌ قضائیه، به تعداد مورد نیاز و به منظور رسیدگی به جرائم مربوط به جنگ با رعایت ماده (۵۹۱) این قانون در محل قرارگاه‌های عملیاتی، مراکز استانها یا سایر مناطق مورد نیاز تشکیل می‌شود.

تبصره ۱- حوزه قضائی دادگاه‌های نظامی زمان جنگ، حسب مقتضیات و شرایط جنگی با تصویب رئیس قوه قضائیه تعیین می‌شود.

تبصره ۲- دادگاه‌های نظامی دو، نظامی یک و تجدیدنظر نظامی تا هنگام تشکیل دادگاه‌های نظامی زمان جنگ، حسب مورد برابر مقررات دادرسی زمان جنگ، به جرائم مربوط به جنگ رسیدگی می‌کنند.

جرائم مربوط به جنگ که توسط نظامیان ارتکاب می‌یابد و در دادگاه زمان جنگ رسیدگی می‌شود، عبارتند از:

الف- کلیه جرائم ارتکابی در مناطق عملیاتی در حدود صلاحیت سازمان قضائی

ب- جرائم علیه امنیت داخلی و خارجی در حدود صلاحیت سازمان قضائی

پ- جرائم مربوط به امور جنگی مرتبط با اقدامات عملیاتی، گرچه محل وقوع آن خارج از مناطق عملیاتی باشد.

ترکیب، صلاحیت و آیین دادرسی دادسرا و دادگاه‌های نظامی زمان جنگ به ترتیب تعیین شده برای سایر دادگاه‌های نظامی است مگر آنکه در این قانون به نحو دیگری مقرر شود.

دادسرای نظامی زمان جنگ در معیت دادگاه‌های نظامی‌ زمان جنگ تشکیل می‌شود و در صورت عدم تشکیل، دادسرای نظامی مرکز ‌استان محل وقوع جرم، وظایف آن ‌را انجام می‌دهد.

تبصره- قضات سازمان قضائی ‌با ابلاغ رئیس قوه قضائیه می‌توانند با حفظ سمت، حسب مورد به عنوان قضات دادسرا یا دادگاه نظامی زمان جنگ نیز انجام وظیفه نمایند.

رئیس شعبه اول دادگاه تجدیدنظر نظامی زمان جنگ، بر کلیه شعب دادگاه‌ها و دادسرای نظامی زمان جنگ، نظارت و ریاست اداری دارد و در غیاب وی ریاست اداری به عهده معاون وی و در غیاب آنان با دادستان نظامی زمان جنگ حوزه قضائی مربوط است.

پس از انحلال دادسرا و دادگاه‌های نظامی زمان جنگ، پرونده‌ها‌ی مربوط حسب مورد در دادسرا و دادگاه‌های نظامی صالح برابر مقررات دادرسی زمان صلح رسیدگی می‌شود.

تبصره- دادگاه‌های نظامی زمان جنگ، با تصویب رئیس قوه قضائیه منحل می‌شوند.

پشتیبانی و تأمین کلیه امکانات مورد نیاز دادگاه‌های نظامی زمان جنگ بر عهده قرارگاه عملیاتی محل تشکیل دادگاه‌های مزبور است.