وظایف ادارات و شعب تحقیق به شرح ذیل است:
الف- وظایف شعب حقوقی:
1- تحقیق و رسیدگی و اعلامنظر در مورد تشخیص متولی و ناظر و موقوفعلیهم موقوفات.
2- تحقیق و رسیدگی و اعلامنظر در مورد وقفیت املاک و تشخیص موقوفات عام از خاص.
3- تشخیص موقوفات مجهولالتولیه یا بدون متولی.
4- رسیدگی و اظهارنظر در مورد تطبیق مصارف درآمد موقوفات با مفاد وقفنامه یا سایر اسناد مربوطه در صورت ابهام و یا بروز اختلاف.
5- تحقیق و رسیدگی در مورد تعدی و تفریط یا مسامحه و اهمال متولیان و امناء و نظار و مدیران موسسات خیریه از انجام وظایف یا استنکاف از اجرای مقررات اوقافی در امور موقوفه و موسسات خیریه و تنظیم گزارش و ارسال به دادگاه و در صورت احراز تعدی و تفریط و تخلف، اعلام جرم و انعکاس موضوع بهدادسرا.
6- رسیدگی و اظهارنظر در مورد مصرف درآمد موقوفات متعذرالمصرف و موقوفاتی که عواید آنها به علت قلت ولو با پسانداز چند سال برای اجرای نظر واقف کافی نیست یا به علت کثرت عواید زاید بر مصارف متعارف باشد بر طبق تبصره ماده 8 قانون تشکیلات و اختیارات سازمان حج و اوقاف و امور خیریه.
7- رسیدگی و صدور گواهی مصرف نسبت به موقوفاتی که فاقد وقفنامه یا مدارک وقفیت معتبر بوده و در سنوات گذشته بر مبنای سیره جاریه عمل شده است.
ب- وظایف شعب حسابرسی:
1- رسیدگی به درآمد و هزینه موقوفات و بقاع و اماکن متبرکه اسلامی و موسسات و انجمنهای خیریهای که به موجب قانون و آییننامههای مربوطه اداره امور آنها به عهده سازمان حج و اوقاف و امور خیریه محول شده یا میشود.
2- تطبیق اسناد هزینه و درآمد موقوفات با مفاد وقفنامه یا سایر اسناد مربوطه.
3- صدور مفاصاحساب برای اسناد درآمد و هزینههایی که به موجب بند 1 وظایف شعب حسابرسی از طریق ادارات اوقاف به ادارات تحقیق ارسال میشود.
4- تطبیق رقبات مندرج در بودجه با وقفنامه و یا سایر مدارک معتبر.
5- تطبیق درآمد رقبات مندرج در بودجه با مدارک تعیینکننده درآمد.