مأخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات، در مورد مودیان عضو سامانه مودیان، ارزش فروش مندرج در صورتحساب الکترونیکی است که توسط آنان در سامانه مزبور ثبت شده است.

تبصره 1- مأخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات در مورد مودیانی که عضو سامانه مودیان نیستند و نیز مودیان متخلف موضوع ماده ‌(9) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، ارزش روز کالا یا خدمت در زمان تعلق می‌باشد که توسط سازمان بر اساس اطلاعات موجود در سامانه مودیان، استعلام از مراجع ذی‌صلاح یا تعیین کارشناس یا هیات کارشناسی مشخص می‌شود. همچنین سازمان می‌تواند برای تعیین مأخذ مشمول مالیات مودیان مزبور، از دفاتر، اسناد و مدارک (اعم از الکترونیکی یا غیرالکترونیکی) آنها استفاده نماید. مودی مکلف است دفاتر، اسناد و مدارک مذکور را در صورت درخواست ماموران مالیاتی، کارشناس یا هیات کارشناسی به آنان ارائه کند.

تبصره 2- موارد زیر جزء مأخذ محاسبه مالیات و عوارض نمی‌باشد:

الف‌- انواع تخفیفات اعطائی؛

ب- مالیات و عوارض موضوع این قانون که قبلاً توسط عرضه‌کننده کالا یا ارائه‌دهنده خدمت پرداخت شده است؛

پ- سایر مالیات‌های غیرمستقیم و عوارضی که به موجب قوانین موضوعه هنگام عرضه کالا یا ارائه خدمت به آن تعلق گرفته است؛

ت- وجوهی که به موجب سایر قوانین وصول می‌شود و به حساب درآمد عمومی یا به حساب درآمد شهرداری‌ها واریز می‌گردد؛

ث- کمک‌های پرداختی شهرداری‌ها و دهیاری‌ها به سازمان‌های غیرانتفاعی وابسته به خود طبق قوانین و مقررات موضوعه، مشروط به آنکه مالیات متعلقه به عنوان بخشی از آن احتساب نشده باشد؛

ج‌- یارانه پرداختی دولت بابت جبران تمام یا قسمتی از قیمت کالاها و خدمات مشمول قیمت‌گذاری؛ مشروط به آنکه مالیات فروش به‌ عنوان بخشی از آن احتساب نشده باشد.

چ‌- وجوهی که از ردیف‌های بودجه‌ای مصوب دستگاه‌ها بین شرکت‌های تابعه در قوانین بودجه سنواتی جابه‌جا می‌شود مشروط بر آنکه بابت خرید یا فروش کالا و خدمات نباشد.

مأخذ محاسبه مالیات و عوارض واردات کالا،‌ مجموع ارزش گمرکی (موضوع ماده‌ (14) قانون امور گمرکی مصوب 1390/08/22) و حقوق ورودی (حقوق گمرکی و سود بازرگانی) می‌باشد. مالیات و عوارض مذکور جزء حقوق ورودی محسوب نمی‌شود.

نرخ مالیات و عوارض کالاها و خدمات مطابق با مأخذ موضوع ماده ‌(5) این قانون، به ‌استثنای کالاهای خاص که نرخ آنها در ماده ‌(26) این قانون تصریح شده، نه‌ درصد (9%) می‌باشد.

مالیات و عوارضی که مودیان برای خرید کالاها و خدمات مورد نیاز برای انجام فعالیت‌های اقتصادی خود پرداخت می‌کنند، به عنوان اعتبار مالیاتی آنان منظور شده‌ و از مالیات و عوارض فروش آنها کسر می‌شود. در صورتی که جمع اعتبار مالیاتی مودی در هر دوره مالیاتی بیشتر از مالیات و عوارض فروش وی باشد، سازمان موظف است‌ مبلغ مازاد را به دوره‌ و یا دوره‌های بعد منتقل نماید. در صورتی که مودی درخواست کند که مازاد مزبور به وی مسترد گردد، سازمان موظف است حداکثر ظرف یک‌ماه از تاریخ ثبت درخواست، نسبت به استرداد ما‌به‌التفاوت مذکور از محل وصولی‌های جاری اقدام نماید، در غیر این‌صورت، مشمول خسارتی به میزان دو درصد (2%) در ماه از تاریخ ثبت درخواست نسبت به مبلغ قابل استرداد و مدت تاخیر می‌باشد که توسط سازمان و از محل وصولی‌های جاری پرداخت می‌گردد. متخلفین از اجرای این حکم با درخواست مودی و رای هیات رسیدگی به تخلفات اداری به مجازات بند «د» ماده ‌(9) قانون رسیدگی به تخلفات اداری مصوب 1372/09/07 محکوم می‌شوند.

تبصره 1- مالیات و عوارض خرید نهاده‌های مربوط به طرح‌های تملک دارایی‌های سرمایه‌ای (عمرانی) دولت قابل استرداد نیست و جزء بهای تمام شده دارایی‌های مزبور منظور می‌گردد.

تبصره 2- در صورتی که مودی فقط به عرضه کالاها و ارائه خدمات معاف اشتغال داشته باشد و یا طبق مقررات این قانون کالا و خدمات وی مشمول مالیات و عوارض نباشد، مالیات و عوارض پرداختی بابت خرید نهاده‌های آنها قابل تهاتر یا استرداد نمی‌باشد.

تبصره 3- در صورتی که مودی به عرضه توأم کالاها و خدمات مشمول و معاف اشتغال داشته باشد، ‌صرفاً مالیات و عوارضی که بابت خرید نهاده‌های مورد نیاز برای تولید کالاها و خدمات مشمول پرداخت کرده است، حسب مورد، قابل کسر، تهاتر یا استرداد است.

تبصره 4- صرف‌نظر از آنکه مودی به عرضه کالاها و خدمات معاف یا مشمول اشتغال داشته باشد، مالیات وعوارض خرید مربوط به ماشین‌آلات خطوط تولید وی قابل کسر، تهاتر و استرداد می‌باشد.

تبصره 5- آن قسمت از مالیات و عوارض پرداختی مودیان که طبق مقررات این قانون قابل تهاتر یا استرداد نیست، به عنوان هزینه‌های قابل قبول موضوع قانون مالیات‌های مستقیم محسوب می‌شود.

تبصره 6‌- سازمان مکلف است با رعایت تبصره‌های (2) و (4) این ماده ‌مالیات و عوارض پرداختی واحدهای تولیدی یا معدنی دارای مجوز تاسیس را که در دوره‌های قبل از بهره‌برداری جهت خرید کالاها و خدمات مورد نیاز برای تاسیس و راه‌اندازی واحد مورد نظر پرداخت کرده‌اند، مسترد نماید.

تبصره 7‌- مالیات‌ و عوارضی که در موقع خرید کالاها و خدمات توسط شهرداری‌ها و دهیاری‌ها برای انجام وظایف و خدمات قانونی پرداخت می‌گردد، طبق مقررات این قانون قابل تهاتر و یا استرداد است.

تبصره 8‌- مالیات و عوارض پرداخت ‌شده توسط سفارتخانه‌ها، ماموریت‌های دیپلماتیک، پست‌های کنسولی، ماموران دیپلماتیک و کارکنان اداری و فنی آنها که تبعه دولت جمهوری اسلامی ایران نمی‌باشند، به شرط عمل متقابل و همچنین مالیات و عوارض پرداخت‌ شده توسط دفاتر سازمان‌های بین‌المللی و اعضای آنان که مقیم جمهوری اسلامی ایران می‌باشند (اتباع غیرایرانی)، با ارائه اسناد و مدارک مثبته، قابل استرداد است. نحوه استرداد به موجب دستورالعملی است که توسط وزارتخانه‌های امور خارجه و امور اقتصادی و دارایی (سازمان) تصویب و ابلاغ می‌شود.